งาน ของมูลนิธิฯ เกิดขึ้นอย่างเรียบง่าย เมื่อบาทหลวงโจเซฟ เอช ไมเออร์ หรือ ”คุณพ่อโจ” ที่ชาวบ้านเรียกขาน ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส วัดแม่พระแห่งเหรียญอัศจรรย์ ที่ตั้งอยู่บริเวณโรงฆ่าสัตว์ (โรงหมู) ที่สลัมคลองเตย เด็กที่เป็นลูกหลานชาวสลัมที่ยากจนจำนวนมาก ไม่มีโอกาสไปโรงเรียน เด็กเล็กๆได้แต่วิ่งเล่นไปวันๆ รอให้พ่อแม่ ผู้ปกครองเลิกจากงานในท่าเรือหรือในสลัม กลับมาบ้าน
ความยากจนทำให้เด็กไม่มีโอกาสเตรียมความพร้อมเพื่อเข้าเรียนชั้น ป.1 แม้จะได้เข้าเรียน ก็จะต้องออกจากโรงเรียนเพราะเรียนไม่รู้เรื่อง หรือไม่ก็เพราะพ่อแม่ไม่มีเงินส่งไปเรียน คุณพ่อโจ จึงได้ชวนซิสเตอร์มาลินี ฉันทวโรดม หรือ “คุณแม่มาเรีย” จากคณะพระแม่มารีย์ผู้ปฏิสนธินิรมล สาธุประดิษฐ์ มาช่วยสอนหนังสือให้กับเด็กๆคาทอลิก ซี่งต่อมาไม่นาน ก็ได้เกิดความร่วมมือร่วมใจจากชาวบ้าน ก่อตั้งโรงเรียนวันละบาทขึ้น ดำเนินการในรูปแบบศูนย์เด็กปฐมวัย ตอนเช้า พ่อแม่ก็นำลูกมาฝากไว้ที่คุณครูและมารับกลับเมื่อเลิกจากงานในตอนบ่ายหรือ ตอนเย็น
หลังจากโรงเรียนวันละบาท ดำเนินไปได้ด้วยดี ก็ได้เกิดความร่วมมือจากชาวบ้านอีกหลายชุมชน ในการร่วมก่อตั้งโรงเรียนขึ้น จนกระทั่งปี พ.ศ. 2552 มีศูนย์เด็กปฐมวัยของมูลนิธิฯ ดำเนินงานอยู่ในชุมชนแออัดทั้งสิ้น 26 แห่ง ในพื้นที่ 16 เขตในกรุงเทพมหานคร รับเด็กปฐมวัย กว่า 4000 คนเข้าเตรียมตัวเรียนในระดับชั้น ป. 1
2516 – 2520 เด็กๆ ต้องได้เรียนหนังสือ สุขภาพต้องมาก่อน
สภาพของชุมชนแออัดคลองเตยช่วงเวลานี้ เด็กๆ จำนวนมากไม่มีโอกาสเรียนหนังสือเนื่องจากพ่อแม่ยากจน หาเช้ากินค่ำ ผู้ปกครองจะส่งเด็กไปโรงเรียนเมื่อถึงอายุเข้าเกณฑ์ ไม่มีการเตรียมความพร้อม เด็กจำนวนมากต้องออกจากการเรียน เพราะเรียนไม่ทัน มีจำนวนมากที่ต้องออกจากโรงเรียนเพราะพ่อแม่ไม่มีเงินส่งให้เล่าเรียน
พ.ศ. 2516 ก่อตั้งศูนย์เด็กปฐมวัยเมอร์ซี่แห่งแรก ที่ชุมชนโรงหมู สลัมตลองเตย
พ.ศ. 2518 เริ่มโครงการช่วยเหลือเด็กเร่ร่อน โครงการครูข้างถนน
พ.ศ. 2519 เปิดบ้านพักสำหรับเด็กเร่ร่อน
พ.ศ. 2520 จัดตั้งสามัคคีสงเคราะห์ คลินิก ที่ชุมชนล็อค 9 บริการฟรีด้านสาธารณะสุขและยา มีพยาบาลวิชาชีพเดินชุมชน เพื่อเยี่ยมผู้ป่วยถึงบ้านเพื่อให้ความช่วยเหลือเบื้องต้น คนที่ป่วยมากก็นำมาที่คลินิก บริการนี้ครอบคลุม พื้นที่ชุมชน 8 แห่งในคลองเตย เนื่องจากขณะนั้นชาวชุมชนไม่สามารถเข้าถึงบริการของรัฐ
ช่วงเวลานี้ เกิดเหตุไฟไหม้บ่อยครั้ง ทั้งจากอุบัติเหตุและจากการไล่รื้อ ระหว่างรอก่อสร้างบ้าน ชาวชุมชนซึ่งยากจนอยู่แล้ว ยิ่งต้องใช้ชีวิตความเป็นอยู่อย่างยากลำบากมากยิ่งขึ้น เนื่องจากมีรายได้วันต่อวันเพื่อปากท้อง ไม่ทำงานก็ไม่ได้เงิน มูลนิธิฯ เห็นความจำเป็นต้องเข้าช่วยเหลือสร้างที่อยู่อาศัยอย่างเร่งด่วน
พ.ศ. 2524 เริ่มโครงการก่อสร้างที่อยู่อาศัยสำหรับผู้ประสบอัคคีภัย ถูกไล่รื้อ
พ.ศ. 2525 คุณพ่อโจ เริ่มโครงการเยี่ยมผู้ต้องขังทั้งชายและหญิง ในเรือนจำบางขวางและเรือนจำลาดยาว โครงการนี้ดำเนินการต่อเนื่องเป็นเวลากว่า 25 ปี
พ.ศ. 2526 โครงการสร้างที่อยู่อาศัยเพิ่มมากขึ้น ก่อตั้งโรงเรียนวันละบาทในชุมชนแออัดกว่า 20 แห่งในกรุงเทพมหานคร ริเริ่มก่อตั้งกลุ่มแม่บ้านในชุมชนแออัด
เรา อยู่ร่วมกันได้ เพียงแต่ให้ครอบครัวและชุมชน มีความเข้าใจที่ถูกต้อง แท้จริง เพื่อไม่ให้ผู้ติดเชื้อเอดส์ถูกทอดทิ้ง และเพื่อให้ชุมชนตระหนักถึงคุณค่าของชีวิต ด้วยการสนับสนุนของผู้มีจิตศรัทธา มูลนิธิฯ ตัดสินใจก่อสร้างอาคารถาวรเพื่อทำงานด้านเอดส์และบ้านพักสำหรับเด็กเร่ร่อน
พ.ศ. 2533 โรคเอดส์ย่างกรายเข้าชุมชนสลัม มูลนิธิฯเริ่มรณรงค์สร้างความ เข้าใจให้กับชาวชุมชนและสร้างความตระหนักถึงพิษภัยของโรคเอดส์
พ.ศ. 2534 เกิดอุบัติภัยครั้งใหญ่ สารเคมีระเบิดในพื้นที่สลัมคลองเตย และเกิดไฟไหม้ใหญ่ที่ชุมชนร่มเกล้า มูลนิธิฯ ช่วยชาวบ้านสร้างที่อยู่อาศัยพร้อมกับจัดระเบียบชุมชนควบคู่กันไป
พ.ศ. 2537 ปรับเปลี่ยนสามัคคีสงเคราะห์ คลินิก เป็น ศูนย์สุขภาพและอนามัย ชุมชน คุณพ่อโจร่วมเป็นคณะผู้ก่อตั้งสมาพันธ์สิทธิมนุษยชนด้านที่อยู่อาศัยแห่ง เอเชีย
พ.ศ. 2538 ร่วมก่อตั้งเครือข่ายองค์กรเพื่อเด็กเร่ร่อน
พ.ศ. 2540 เริ่มโครงการบ้านแม่และเด็กที่ได้รับผลกระทบจาก HIV-AIDS และบ้านพักฟื้นชั่วคราวจัดตั้งกลุ่มเครดิตยูเนี่ยนแม่บ้านร่วมใจ เพื่อส่งเสริมการออมและเสริมสร้างศักยภาพการลงทุนประกอบอาชีพโดยบริการเงิน กู้ยืม อัตราดอกเบี้ยต่ำ เพื่อช่วยต่อสู้กับเงินกู้นอกระบบที่มีอัตราดอกเบี้ยสูงถึงร้อยละ 20 ต่อเดือน
พ.ศ. 2541 จำนวนศูนย์เด็กปฐมวัย ของ มูลนิธิฯ เพิ่มขึ้นเป็น 25 แห่ง
พ.ศ. 2542 เปิดศูนย์พิทักษ์และคุ้มครองสิทธิเด็ก เพื่อให้ความช่วยเหลือด้านกฎหมายแก่เด็กที่ถูกละเมิด จัดตั้งกลุ่มผู้พิการเขตคลองเตยเพื่อช่วยบรรเทาความพิการทาง ร่างกายและจัดหาแหล่งจ้างงานสำหรับผู้พิการ
พ.ศ. 2542 มูลนิธิฯ ลงนามในข้อตกลงความร่วมมือกับศาลเยาวชนและครอบครัวกลาง ในการฝึกและอบรม การบำบัด แก้ไข ฟื้นฟู และการให้คำปรึกษาแนะแนวแก่เด็กและเยาวชน
ประเทศไทยเริ่มก้าวเข้าสู่ช่วงเวลาสำคัญของการปกป้อง คุ้มครองสิทธิของเด็ก มีการตรา พระราชบัญญัติคุ้มครองเด็กพระ ราชบัญญัติประมวลกฎหมายวิธีการพิจารณาคดีทางอาญาสำหรับเด็ก เป็นครั้งแรก ที่เด็กและเยาวชนที่ตกเป็นผู้ต้องหา เป็นพยาน หรือเป็นผู้ถูกละเมิด ได้รับการคุ้มครองโดยมีนักสังคมสงเคราะห์เป็นพี่เลี้ยงช่วยเหลือระหว่างการ ดำเนินคดี ซึ่งผิดจากแต่ก่อน ที่เด็กและเยาวชนต้องผ่านกระบวนการทางศาลด้วยตนเองตามลำพัง
พ.ศ. 2543 มูลนิธิฯ ดำเนินการบ้านแม่และเด็กผู้ติดเชื้อ ในอาคารใหม่ ซึ่งสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ กัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาส ราชนครินทร์ ทรงกระกรุณาเสด็จเป็นองค์ประธานในการวางศิลาฤกษ์และเปิดอาคารดังกล่าว
พ.ศ. 2544 มูลนิธิฯ ดำเนินการบ้านเมอร์ซี่หลังใหม่ ฯพณฯ อานันท์ ปันยารชุนอดีตนายกรัฐมนตรี และผู้แทนองค์การยูนิเซฟในประเทศไทย ได้กรุณาเป็นประธานในพิธีเปิดอาคารดังกล่าว
พ.ศ. 2547 เปิดโรงเรียน ยานุส คอร์ซัค แห่งเอเซียอาคเนย์ สอนเด็กเร่ร่อนและเด็กที่ไม่สามารถเข้าเรียนในระบบ ให้รู้หนังสือและช่วยให้สามารถประกอบอาชีพได้ จนถึงปัจจุบัน การดำเนินการของ โรงเรียนสามารถช่วยให้เด็กกลับเข้าสู่การเรียนในระบบปกติได้แล้วกว่า 30 คน
พ.ศ. 2547 มูลนิธิฯ ร่วมลงนามในบันทึกข้อตกลงความร่วมมือระหว่างองค์กร เครือข่ายความร่วมมือในการช่วยเหลือเด็กและเยาวชนในกระบวนการยุติธรรม
หลังจากเกิดอุบัติภัยสึนามิในฝั่งอันดามัน มูลนิธิฯ ได้รับการร้องขอจากผู้บริจาคเงิน ให้ช่วยเหลือผู้ประสบภัย เนื่องจากมูลนิธิฯ สามารถดำเนินการเมื่อความช่วยเหลือจากหน่วยงานต่างๆ ดำเนินไปครอบคลุมพื้นที่ต่างๆแล้ว มูลนิธิฯจึงนำประสบการณ์ที่ได้รับจากงานในชุมชนแออัดคลองเตย ไปประยุกต์ใช้ โดยเน้นไปที่ความต้องในส่วนที่ไม่มีหน่วยงานใดให้ความช่วยเหลือ ด้วยเจตนารมณ์เดิม คือ เด็กๆต้องไปโรงเรียน สุขภาพของเด็กและครอบครัวต้องมาก่อน
พ.ศ. 2548 ช่วยซ่อมบ้านและมอบเรือพร้อมอุปกรณ์ประกอบอาชีพ ให้กับผู้ประสบภัยกว่า 500 ครอบครัว สนับสนุนทุนการศึกษาต่อเนื่องสำหรับเด็กชาวไทยใหม่และเด็กจากครอบครัวยากไร้ กว่า 500 คน สร้างโอ่งซีเมนต์ ความจุ 1800 ลิตร สำหรับเก็บน้ำฝนเพื่อบริโภคจำนวนกว่า 3000 ใบ มอบให้กับครอบครัวที่ขาดแคลนน้ำดื่มในช่วง ฤดูแล้งร่วมกับโรงเรียน 12 แห่ง ในจังหวัดพังงา- ภูเก็ต สังกัดสำนักงานการศึกษาพื้นฐาน จัดตั้งเครือข่ายกองทุนเพื่อการศึกษา เพื่อช่วยเหลือเด็กนักเรียนยากจนในรูปแบบทุนการศึกษา และเพื่อช่วยเสริมสร้างศักยภาพในการระดมทรัพยากรท้องถิ่นเพื่อการศึกษา ปัจจุบันมีนักเรียนที่เป็นชาวไทยใหม่ และนักเรียนยากจนรับทุนการศึกษาในโครงการ 450 คน
พ.ศ. 2550 ขยายงานเยี่ยมบ้านผู้ป่วยติดเชื้อ และการให้คำแนะนำปรึกษาในการดูแลผู้ป่วยติดเชื้อเอดส์ที่บ้าน จำนวนกว่า 450 รายเกิดเหตุไฟไหม้ชุมชน 2 แห่งในสลัมคลองเตย มูลนิธิฯ ช่วยเหลือสร้างบ้านจำนวนกว่า 100 หลัง และซ่อมบ้านคนชราที่อาศัยอยู่เองตามลำพัง อีก 30 หลัง จนถึงปัจจุบัน มูลนิธิฯ ได้ช่วยสร้างบ้านและซ่อมแซมบ้านอยู่อาศัยในชุมชนแออัดไปแล้ว เป็นจำนวนกว่า 10,000 หลัง
พ.ศ. 2550 กรุงเทพมหานคร มอบรางวัลศูนย์เด็กปฐมวัยดีเด่น ให้กับศูนย์เด็กปฐมวัยของมูลนิธิฯ จำนวน 3 แห่งโรงเรียน ยานุส คอร์ซัค เปิดการเรียนการสอนตามอัธยาศัย สำหรับผู้ใหญ่ที่ไม่ได้เรียนหนังสือ จำนวน 50 คน
พ.ศ. 2551 เริ่มโครงการบ้านสวน สำหรับเด็กชายบ้านเมอร์ซี่ ได้ใช้ชีวิตด้วยตนเอง เด็กๆฝึกทำงานเกษตร ฝึกความรับผิดชอบในงานที่ได้รับมอบหมาย เด็กต้องทำอาหารรับประทานเอง ขณะที่ยังไปโรงเรียนตามระดับชั้นของตนตามปกติ เริ่มโครงการช่วยเหลือเด็กและครอบครัวชาวมอแกนที่เกาะเหลา จังหวัดระนอง จำนวน 130 ครอบครัว ชาวมอแกนที่นี่ยังไม่ได้รับสถานภาพการเป็นคนไทย และรัฐบาลกำลังดำเนินการด้านเอกสารอยู่ ชุมชนมอแกนแห่งนี้ ไม่มีไฟฟ้า ไม่มีน้ำประปา ครอบครัวมีความยากจน มีความเป็นอยู่แร้นแค้นและขาด ความช่วยเหลือในการพัฒนา เด็กๆ อยู่ในสภาพขาดสารอาหาร รุนแรงและมีสุขภาพทรุดโทรม โครงการนี้ นอกจากช่วยเหลือเด็กๆ ชาวมอแกนให้ได้เรียนหนังสือแล้ว มูลนิธิฯ ช่วยด้านสิ่งจำเป็นพื้นฐานสำหรับชุมชน เช่นการปรับปรุงบ่อน้ำ จัดหาโอ่งเก็บน้ำฝนดูแลสุขอนามัยครอบครัว อบรมผู้ปกครองให้ความรู้พื้นฐานที่จำเป็นในการเลี้ยงดูลูก ส่งเสริมทักษะอาชีพสำหรับเยาวชนมอแกน ล่าสุดมูลนิธิฯ ช่วยก่อตั้งกลุ่มออมทรัพย์รักษ์เกาะเหลา โดยมีผู้นำทั้งชาวมอแกน และชาวไทยบนเกาะเหลา ร่วมกันเป็นคณะกรรมการ
พ.ศ. 2552 เริ่มดำเนินการศูนย์เด็กปฐมวัยสำหรับบุตรหลานของแรงงาน อพยพชาวต่างชาติ ที่จังหวัดสมุทรปราการ
